České dráhy původně dostaly od ÚOHS pokutu 270 milionů korun (červenec 2008), proti ní se ale firma odvolala k předsedovi úřadu. Ten delikt firmy potvrdil v květnu 2009, pokutu ale snížil na 254 milionů korun. České dráhy následně podaly žalobu ke Krajskému soudu v Brně.
Dráhy podle ÚOHS v období od 1. ledna 2004 do 30. listopadu 2007 uplatňovaly vůči svým odběratelům rozdílné ceny za služby železniční nákladní dopravy u přeprav se srovnatelnými parametry. Tímto způsobem znevýhodňovaly některé své odběratele, kterým byly stanoveny ceny, resp. marže podstatně vyšší než jiným zákazníkům. Výhodnější podmínky České dráhy poskytovaly především těm svým zákazníkům, kterým byla nabídnuta přeprava od konkurenčních firem. Konkurenti firmy podle ÚOHS přitom neměli možnost na takovou cenovou politiku adekvátně reagovat.
České dráhy také podle úřadu v roce 2006 a části roku 2007 znemožnily společnostem Spedit-Trans a Šped-Trans Levice uzavírat smlouvy o zákaznickém tarifu, a získat tak slevu z veřejného ceníku. Dále stanovily povinnost skládat stoprocentní zálohy na jimi poskytované služby železniční nákladní dopravy. V konečném důsledku tak bylo těmto společnostem znemožněno další působení na trhu.
Podle Českých drah ale antimonopolní úřad chybně vymezil takzvaný relevantní trh. „Není možné vytrhnout z celého dopravního trhu pouze železnici a tvrdit, že mají ČD monopol. V odvětví nákladní dopravy má ČD Cargo významné konkurenty, jako je kamionová doprava, která se na nákladním dopravním trhu podílí 75 procenty,“ uvedly tehdy v prohlášení dráhy.