Celková částka na protipovodňovou prevenci ve druhé etapě, která započala v roce 2007, činí přitom 10,5 miliardy korun. V roce 2007 se na protipovodňovou prevenci vyčerpalo ale jen 252,5 milionu korun a v roce 2008 to bylo 870,6 milionu korun. Teprve v loňském roce se investice do prevence povodní v ČR výrazně zvýšily, a to na částku 1,978 miliardy korun.
Program protipovodňové prevence má být financován především ze zdrojů EU, konkrétně z šestimiliardového úvěru od Evropské investiční banky (EIB). Na celkové částce 10,5 miliardy korun se mají dále tři miliardami korun podílet výnosy z privatizace, ze státního rozpočtu má být zabezpečena jedna miliarda korun a zbylých půl miliardy korun by měly tvořit zdroje z územních rozpočtů a fondů EU.
Z pětice státních podniků Povodí investovalo do prevence povodní doposud ve druhé etapě v průběhu let 2007 až 2009 nejvíce Povodí Vltavy, a to více než 741 milionů korun včetně vlastních zdrojů ve výši 65,063 milionu korun. Státní podnik Povodí Labe investoval za stejné období téměř 560 milionů korun, z toho 46,615 milionu vlastních zdrojů. Povodí Odry vydalo na protipovodňovou prevenci zhruba 366 milionů korun, z toho 36,115 milionů ze svého, Povodí Moravy pak pouze něco přes 176 milionů korun včetně vlastních zdrojů ve výši 14,572 milionu korun. Nejméně peněz vydalo na prevenci povodní Povodí Ohře, a to přes 95 milionů korun, z toho 8,035 milionu korun z vlastních zdrojů.
Současně s druhou etapou uvedeného programu běží také program „Podpora obnovy, odbahnění a rekonstrukce rybníků a výstavby vodních nádrží“. Ten měl původně trvat od roku 2007 do roku 2012, v současné době se jedná o jeho prodloužení do roku 2013. Na tento program je vyčleněno 3,2 miliardy korun, největší částku tvoří opět úvěr od EIB ve výši dvou miliard korun. Celkem 0,9 miliardou korun má přispět státní rozpočet a zbylé prostředky v objemu 0,3 miliardy koruna mají být výnosy z privatizací. Ministerstvo v tomto případě předpokládá vytvoření 1,52 milionu metrů krychlových retenčního prostoru v nově budovaných nádrží a 3,2 milionu metrů krychlových retenčního prostoru v rámci rekonstrukce stávajících rybníků.
Celkem miliarda korun má být také na protipovodňovou prevenci investována prostřednictvím pozemkových úprav. Z této částky bylo přitom v roce 2007 vyčerpáno 64 milionů korun, v roce 2008 celkem 45 milionů korun a loni 113 milionů korun. Na období 2010 až 2013 tak zbývá ještě 778 milionů korun.
