NSS se zabýval všemi jevy, které dopadají na život lidí souběžně. Soudci podle Žiškové zjistili, že posouzení vlivu staveb na život lidí a přírody jsou v zásadách územního plánu pouze pojmenovány.
"Nebylo provedeno hodnocení významnosti jevů a především pak existence kumulativních a synergických vlivů nebyla zohledněna při výběru variant jednotlivých dopravních koridorů," řekla Žišková.
Význam posouzení kumulativních a synergických vlivů na životní prostředí lze podle soudu nejlépe demonstrovat na příkladu oblasti Troubsko – Ostopovice – Brno-Bosonohy, v níž se sbíhají tři dopravní koridory: koridor rychlostní silnice R43, koridor zahrnující rozšíření dálnice D1 na šestipruhové uspořádání a koridor tzv. jihozápadní tangenty. Každý z těchto tří dopravních koridorů byl navržen v několika variantách, a nabízelo se tak několik variant kumulace dopravních koridorů - například vyústění rychlostní silnice R43 u Ostrovačic, nikoliv u Bosonoh, nebo upuštění od záměru jihozápadní tangenty či od záměru zkapacitnění dálnice D1.
"Při výběru variant těchto dopravních koridorů ovšem Krajský úřad Jihomoravského kraje nezohlednil, jaké kumulativní a synergické vlivy na životní prostředí vyvolá výběr té které varianty. Soud dospěl k závěru, že nebylo provedeno posouzení kumulativních a synergických vlivů v dostatečném rozsahu, a proto je třeba považovat posouzení dopadů na životy lidí a životní prostředí za neúplné," řekla soudkyně.
Odstranění výše uvedeného nedostatku posouzení SEA měl zajistit krajský úřad, který si posouzení objednal, a dále na něj mělo upozornit Ministerstvo životního prostředí. Ministerstvo však i přes tento zásadní nedostatek vydalo kladné stanovisko k návrhu zásad územního rozvoje. Soud proto konstatoval, že stanovisko Ministerstva životního prostředí i samotné zásady územního rozvoje vycházejí z nedostatečně zjištěného skutkového stavu. Tato zásadní procesní vada se vztahuje k zásadám územního rozvoje jako celku, protože systém páteřních dopravních komunikací nelze odtrhnout od ostatního obsahu zásad. Soud proto zrušil celé Zásady územního rozvoje Jihomoravského kraje.
Nezákonný byl podle soudu i postup při výběru varianty dopravního koridoru rychlostní silnice R43 v úseku Kuřim – Černá Hora. V rámci posouzení vlivů zásad územního rozvoje na udržitelný rozvoj území byla v uvedeném úseku dopravního koridoru silnice R43 nejlépe hodnocena varianta „Malhostovická“ a „Optimalizovaná MŽP“. Varianta „Malhostovická“ pak byla společně s variantou „Německou“ hodnocena příznivěji než ostatní z hlediska dopravně inženýrských kritérií a předpokládaných vlivů na obyvatelstvo, veřejné zdraví a ostatní složky životního prostředí. Jako nejvýhodnější se tedy jevila varianta „Malhostovická“, nicméně krajský úřad na základě doporučení zastupitelstva zvolil sledování koridoru ve variantě „Německé“. Výběr variant koridorů nelze podle názoru soudu opírat o rozhodnutí politického tělesa. "Stavební zákon předpokládá, že výběr variant se provádí výlučně na základě odborných kritérií," řekla soudkyně.
Řadu dalších námitek navrhovatelů shledal soud nedůvodnou. Jednou z klíčových námitek, kterou vznesli navrhovatelé, bylo tvrzení, že dopravní koncepce obsažená ve schválených zásadách územního rozvoje odporuje obsahu platné politiky územního rozvoje. Nejvyšší správní soud ale rozpor mezi politikou územního rozvoje a zásadami neshledal. Z obsahu spisu zjistil, že koncepce silniční infrastruktury obsažená v zásadách územního rozvoje důsledně vychází z obsahu politiky územního rozvoje, kterou schvaluje vláda a která je pro obsah zásad územního rozvoje závazná. Naopak tzv. alternativní dopravní koncepce zpracovaná Ing. Strnadem, na kterou poukazovali navrhovatelé, je jako celek v rozporu s obsahem platné politiky územního rozvoje.
Významnou otázkou, kterou se soud zabýval, bylo posouzení variant spojení Brna a Vídně. Navrhovatelé poukazovali na to, že výhodnější je využít stávající dálnici D2 do Břeclavi a vybudovat navazující úsek rychlostní silnice R55 Břeclav – státní hranice. V zásadách územního rozvoje je však propojení moravské a rakouské metropole vedeno v koridoru rychlostní silnice R52 v úseku Pohořelice – Mikulov – Drasenhofen. Soud vyšel z obsahu platné politiky územního rozvoje, ve které je zahrnut jak dopravní koridor mezinárodního významu rychlostní silnice R52, tak dopravní koridor rychlostní silnice R55. Tyto koridory nejsou v politice územního rozvoje koncipovány jako vzájemné alternativy, ale jsou pojímány jako dva samostatné záměry, které obstojí vedle sebe.
Jihomoravský kraj podle soudu správně převzal do návrhu zásad územního rozvoje oba koridory a prověřil jejich proveditelnost. Posouzení vlivů návrhu zásad územního rozvoje na území zařazená do soustavy NATURA 2000 ukázalo, že koridor R55 v úseku Břeclav – státní hranice má významný negativní vliv na evropsky významnou lokalitu Soutok – Podluží a ptačí oblast Soutok – Tvrdonicko. Zásady územního rozvoje by tak mohly být schváleny pouze při provedení kompenzačních opatření, a proto byl tento záměr ze zásad vypuštěn. Naproti tomu v případě koridoru R52 žádná obdobná překážka proveditelnosti záměru zjištěna nebyla, a proto nemohl být tento koridor ze zásad územního rozvoje vyřazen.